L’Etat est représenté au sein du conseil national de pilotage (CNP) des ARS par les ministres chargés de la santé, de l’assurance maladie, des personnes âgées et des personnes handicapées ainsi que par les ministres chargés du budget et de la sécurité sociale.

Font également partie de cette instance le secrétaire général des ministères chargés des affaires sociales et le secrétaire adjoint, le directeur de la sécurité sociale, le directeur général de la santé  et son adjoint, le directeur général de l’offre de soins, le directeur général de la cohésion sociale, le directeur de la recherche, des études, de l’évaluation et des statistiques, le directeur des affaires financières, juridiques et des services, le directeur des ressources humaines, le directeur du budget, le chef de l’inspection des affaires sociales. 

Le CNP est présidé par les ministres chargés de la santé, de l’assurance maladie, des personnes âgées et des personnes handicapées, et en leur absence, par le secrétaire général des ministères chargés des affaires sociales.