Ce fonds regroupera ainsi dès le 1er mars 2012 les actuels crédits régionaux de la permanence des soins (ambulatoires et en établissement), plusieurs dotations (fonds d’intervention pour la qualité et la coordination des soins, fonds pour la modernisation des établissements de santé publics et privés hors investissements, mission d’intérêt général (MIG) centres périnataux, éducation thérapeutique, centres dépistage) et les crédits de prévention État et Assurance maladie relevant des ARS.  
Ce fonds représentera au total environ 1,5 milliard d’euros. Son périmètre pourra être étendu ultérieurement au secteur médico-social et à d’autres crédits hospitaliers.